État de l’art sur le microbiote intestinal en 2025 et implications cliniquesRetour
FR
État de l’art sur le microbiote intestinal en 2025 et implications cliniques
Longtemps ignoré, le microbiote humain suscite aujourd’hui
un intérêt scientifique majeur, notamment grâce aux
avancées du séquençage qui permettent d’identifier des
micro-organismes jusqu’alors inconnus car non cultivables.
Principalement localisé dans le tube digestif, il colonise
également la peau, la cavité buccale, les voies urogénitales
et l’arbre pulmonaire. Le microbiote intestinal, qui concentre
près de 70 % des micro-organismes du corps humain, joue
un rôle essentiel dans l’homéostasie de l’hôte : fermentation
des fibres, synthèse de vitamines, protection contre les
pathogènes ou encore modulation du système immunitaire.
Il interagit aussi avec de nombreux médicaments, influençant
leur biodisponibilité, leur efficacité ou leur toxicité.
Au-delà de sa richesse bactérienne, le microbiote présente
une grande diversité taxonomique, incluant également
champignons, archées, protozoaires et virus. Sa fonctionnalité
repose sur un réseau d’interactions biologiques dynamiques,
qui est très mal évaluée par la seule analyse de sa composition.
Sa compréhension nécessite une approche intégrative
combinant analyses taxonomiques, métagénomiques,
métatranscriptomiques et métabolomiques, car la simple
détection d’un micro-organisme ne permet pas d’en déduire
son activité ou son impact. Bien que largement modulée par
des facteurs environnementaux tels que l’alimentation ou les
antibiotiques, cette fonctionnalité tend à rester relativement
stable au fil du temps. Dans ce contexte, l’analyse purement
taxonomique reste aujourd’hui d’un intérêt clinique très
limité.
Les déséquilibres du microbiote, appelés dysbioses, sont
associés à de nombreuses pathologies digestives et extradigestives.
Si les stratégies de modulation (probiotiques,
prébiotiques, transplantation fécale) sont prometteuses,
leur efficacité reste expérimentale, à l’exception notable
de la transplantation fécale dans l’infection récidivante à
Clostridium difficile.
EN
State of the art on the gut microbiota in 2025 and clinical implications
Long overlooked, the human microbiota has recently
emerged as a major focus of scientific research driven by
advances in sequencing technologies that now allow the
identification of previously uncultivable microorganisms.
While predominantly located in the gut, the microbiota
also inhabits the skin, oral cavity, urogenital tract and
respiratory system. The gut microbiota, which accounts
for nearly 70% of the body’s microbial population, plays a
key role in maintaining host homeostasis by contributing
to fibre fermentation, vitamin synthesis, protection
against pathogens, and regulation of the immune system.
It also interacts with numerous drugs, affecting their
bioavailability, efficacy and toxicity.
Beyond its bacterial composition, the microbiota
encompasses a wide range of microorganisms, including
fungi, archaea, protozoa, and viruses. Its functionality
depends on a complex and dynamic web of biological
interactions that cannot be fully captured by compositional
analysis alone. A comprehensive understanding requires
integrative approaches that combine taxonomic,
metagenomic, metatranscriptomic and metabolomic data,
as the mere presence of a microorganism does not reflect
its biological activity nor its clinical relevance. Although
strongly influenced by environmental factors such as
diet and antibiotics, microbial function tends to remain
relatively stable over time. As such, purely taxonomic
profiling currently holds clinical utility.
Microbiota imbalances, known as dysbiosis, have been
linked to many digestive and extra-digestive diseases.
While microbiota-targeted interventions (e.g., probiotics,
prebiotics, fecal microbiota transplantation) appear
promising, their clinical efficacy remains largely unproven,
except in the recurrent Clostridium difficile infection, where
fecal transplantation is an established treatment.